آمار
| تعداد نشریات | 14 |
| تعداد شمارهها | 684 |
| تعداد مقالات | 7,094 |
| تعداد مشاهده مقاله | 11,081,023 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 10,110,541 |
تحلیل ترانسکریپتومیک و آنالیز بیان افتراقی ژنها با استفاده از دادههای RNA-Seq در گاوهای اصیل سیستانی و آمیخته آن با نژاد سیمنتال | ||
| نشریه پژوهش در نشخوار کنندگان | ||
| مقالات آماده انتشار، اصلاح شده برای چاپ، انتشار آنلاین از تاریخ 21 شهریور 1405 | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22069/ejrr.2026.24544.2042 | ||
| نویسندگان | ||
| هژیر غریبی* 1؛ جلال رستم زاده2؛ نعمت الله اسدی3؛ محمد رزم کبیر4؛ محمد حسین بناء بازی3 | ||
| 1دانشجوی دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان | ||
| 2استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 3گروه علوم دامی، مؤسسه تحقیقات علوم دامی کشور، کرج، ایران | ||
| 4دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| چکیده | ||
| سابقه و هدف: گاو سیستانی بهعنوان یکی از نژادهای بومی ارزشمند ایران، با مقاومت بالا به بیماریها، تحمل تنشهای گرمایی و تغذیهای و سازگاری عالی با شرایط سخت اقلیمی مناطق شرقی کشور شناخته میشود. با این حال، ظرفیت پایین تولید شیر و گوشت، استفاده تجاری از آن را محدود کرده است. آمیختهگری با نژادهای پربازده خارجی مانند سیمنتال میتواند تعادلی میان بهرهوری تولیدی و حفظ ویژگیهای سازگاری بومی ایجاد کند. مطالعات ترانسکریپتومی با فناوری RNA-Seq ابزار قدرتمندی برای بررسی تغییرات بیان ژن ناشی از آمیختهگری و شناسایی نشانگرهای مولکولی مرتبط با صفات اقتصادی و سازگاری فراهم میکنند. هدف این مطالعه، تحلیل بیان افتراقی ژنها بین گاوهای خالص سیستانی و آمیختههای آن با نژاد سیمنتال و شناسایی مسیرهای زیستی تحت تأثیر بود. مواد و روشها: نمونههای خون از سیاهرگ دمی گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته سیستانی × سیمنتال (هر تیمار دو تکرار بیولوژیکی) در مرکز اصلاح نژاد دام زابل تحت شرایط تغذیهای، محیطی و مدیریتی یکسان جمعآوری شد. RNA کل با کیت RNeasy شرکت Qiagen استخراج و کیفیت آن (شامل شاخص RIN) با دستگاه Bioanalyzer و خلوص با NanoDrop ارزیابی گردید (نسبت A260/A280 بین 9/1 تا 1/2). نمونهها برای ساخت کتابخانه و توالییابی به شرکت BGI در چین ارسال شدند. کنترل کیفیت اولیه با FastQC v0.12.1 انجام شد و خوانشها با Trimmomatic ویرایش گردیدند (حداقل طول ۵۰ جفتباز). خوانشهای باکیفیت بر روی ژنوم مرجع گاو همتراز شدند. مونتاژ و کمیسازی رونوشتها با Cufflinks (FPKM) و تحلیل بیان افتراقی با Cuffdiff در محیط R صورت گرفت. ژنهای با q-value < 0.05 بهعنوان DEG شناسایی شدند. تحلیل هستیشناسی ژن (GO) و غنیسازی مسیرهای زیستی با پایگاه PANTHER و آزمون فیشر دقیق (با تصحیح FDR) انجام شد. نتایج: پس از کنترل کیفیت و همترازی، در مجموع ۱۴۳ ژن با بیان افتراقی معنیدار بین دو گروه شناسایی شد. کیفیت دادهها مطلوب بود، بطوریکه در گروه خالص سیستانی حدود 74% خوانشهای پیشرو و 73% خوانشهای پسرو و در گروه آمیخته حدود 81% و 82% بهطور یکتا بر ژنوم مرجع همتراز شدند. از ۲۰ ژن با بیشترین تفاوت بیان، ژنهایی مانند UNC80، FBXO16، PKHD1، SCN10A و RGS16 در گاوهای خالص سیستانی کاهش معنیدار بیان نشان دادند، در حالی که ژنهایی مانند BOLA-DQB، PRSS2، PPP1R1B و BOLA-DQA5 افزایش بیان داشتند. تحلیل GO و مسیرهای زیستی نشان داد این ژنها عمدتاً در فرآیندهایی مانند انتقال یون، تنظیم رشد سلولی، پاسخ به محرکها و عملکرد ایمنی نقش دارند. پنج مسیر غنیشده با FDR < 0.05 شناسایی شد که مهمترین آنها شامل سیگنالینگ G Alpha (I)، سیگنالینگ پاییندستی GPCR، سیگنالینگ توسط GPCR، سیگنالینگ G Alpha (Q) و اتصال گیرندههای کموکاین به کموکاینها بودند. این مسیرها با انتقال سیگنالهای خارجسلولی، پاسخهای مرتبط با تولیدمثل، تولید شیر، رشد و عملکرد ایمنی تحت شرایط استرس مرتبط بودند. نتیجهگیری: نتایج نشان میدهد آمیختهگری گاو سیستانی با نژاد سیمنتال تغییرات عمیقی در پروفایل بیان ژن و مسیرهای زیستی ایجاد میکند و میتواند راهبرد مؤثری برای بهبود بهرهوری دام در عین حفظ سازگاری با محیطهای چالشبرانگیز باشد. این یافتهها مبنای ارزشمندی برای برنامههای اصلاحی مبتنی بر نشانگرهای مولکولی و انتخاب هدفمند در نژادهای بومی ایران فراهم میآورد. کلمات کلیدی: آمیختهگری، بیان افتراقی ژن، ترانسکریپتوم، گاو سیستانی، RNA-Seq | ||
| کلیدواژهها | ||
| آمیختهگری؛ بیان افتراقی ژن؛ ترانسکریپتوم؛ گاو سیستانی؛ RNA-Seq | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1 |
||
سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب